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                志諾維思:阻擊疫情 搭建病毒基因變異動態監測平臺

                黃嘉祥
                2020-04-08 12:08:12
                對于“戰新冠”平臺未來的規劃,劉克勝表示,疫情之后,我們希望建立起一個新冠肺炎病毒的基因組序列數據庫,將來提供給相關的科研服務,協助一些公共衛生管理和傳染類疾病的相關項目。同時,我們計劃把平臺的功能進行擴展,未來建立一個關于傳染類疾病的基因測序數據管理、分析的研究平臺,讓平臺發揮更大的效率,創造更大的社會價值。

                新冠肺炎疫情正沖擊著世界各地。世界衛生組織認為,新冠肺炎疫情“已具有全球大流行特征”。

                新冠肺炎疫情在全球蔓延之際,病毒是否發生變異也備受關注。最近,世界衛生組織呼吁全球共享病毒樣本、數據并加快對藥物和疫苗的研究,全球共享所有流感數據倡議組織(GISAID)正在幫助全球的研究者共享其新冠病毒的基因組數據。

                217日,志諾維思(北京)基因科技有限公司(以下簡稱“志諾維思”)聯合中國醫師協會(CMDA)、國家基因組科學數據中心(NGDC)、國家基因庫(CNGB)和國家科學評論雜志(NSR)等多家權威機構發起數據快速共享倡議。

                在此倡議下,志諾維思開發了“戰新冠–病毒基因變異動態監測平臺”(以下簡稱“戰新冠”平臺),實時監測新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)的變異和分析其演化動態,并將實時分析結果免費向疾控中心、醫療機構、研究人員及公眾開放,為精準防疫和診治提供大數據支持。

                220日,志諾維思首席運營官劉克勝在接受《創業圈》專訪時表示,疫情發生以來,大家都在討論疫情的演化,但對于病毒本身的演化方面的研究并不是特別多。志諾維思在生物信息分析方面處在國內比較領先的地位,“所以我們義不容辭參與進來,希望在這方面能為國家做一些事情。這也是我們的出發點,也會一直做下去”。


                搭建“戰新冠”平臺

                志諾維思成立于2015年,是一家聚焦新一代腫瘤精準診療,運用多模態人工智能技術解決臨床信息結構化、分子檢測精準化以及診斷決策智能化的醫療大數據公司,為醫院和檢驗所提供先進的精準醫學大數據解決方案。

                疫情發生以來,志諾維思一直在思索如何加入到狙擊疫情中去。

                根據進化的基本原理,病毒感染人群后可能會發生變異,自然選擇偏好高且傳染力強的突變毒株將更加利于在人群中傳播。而通過對病毒基因組序列的大數據分析,能夠直觀看到這些毒株的變異情況和進化規律。

                劉克勝告訴《創業圈》,我們看到疾控中心、臨床機構和科研機構在做新冠病毒基因組數據分析,也希望依靠自身的國際領先基因組大數據技術經驗,為新冠病毒的研究和疫情防控貢獻力量。

                找到切入口之后,志諾維思從2月初便開始籌備,一方面與中國醫師協會、國家基因組科學數據中心等機構溝通合作事宜,另一方面則搭建“戰新冠”平臺。

                在短時間內搭建這樣一個新平臺并非易事。公司抽調組建了一個十幾個人的團隊,在十幾天內加班加點從頭開始搭建了“戰新冠”平臺。數據準確是“戰新冠”平臺的準則之一。

                劉克勝強調,這是一個公共衛生事件,發布的所有內容都需要反復去核對,這需要我們非常謹慎,以保證所有的數據盡可能地準確。所以在平臺建立、技術以及數據清洗方面,都花了很多的時間和精力。

                從具體運轉來看,“戰新冠”平臺由志諾維思設計開發并提供技術支撐。

                國家基因組數據中心的“基因組倉庫GWH”和國家基因庫生命大數據平臺的序列歸檔系統CNSA 提供數據提交入口。國家科技評論提供了數據提交后的快速發表的通道。該平臺依托于志諾維思基因組大數據分析系統“智能基因云”和世界領先病毒分析技術Nextstrain實現,保障了分析結果的準確性。


                為精準防疫和診治提供大數據支持

                “戰新冠”平臺落地之后,收到了來自全球不同國家、不同數據庫的存量新冠病毒基因組序列的相關數據。

                據志諾維思官網數據顯示,截至317日,“戰新冠”平臺一共收集到來自世界各地的309條新冠病毒的全基因組序列,氨基酸改變的基因變異數目為198,病毒的氨基酸改變的基因變異率為0.00214%

                “戰新冠”平臺通過對全球的存量新冠病毒基因組序列進行大數據分析,展示全球范圍內新冠病毒基因組變異情況、變異毒株的地理分布,并可做到實時監測病毒變異和演化動態,為精準防疫和診治提供大數據支持。

                “戰新冠”平臺的意義主要有四個方面。一是協助各地區疾控中心與醫療機構隨時了解當地以及其他地區病毒的變異情況、變異率及地域分布,針對不同的情況給出不同的防控措施,協助防疫安排與資源調配;二是促進醫療機構、科研機構快速共享數據,并幫助定位影響人群感染程度的基因變異;三是為大眾提供透明準確病毒變異科學信息,降低大眾對于未知流行病和病毒的恐慌;四是未來可幫助發現影響癥狀、預后和藥物治療效果不同的變異,促進新冠肺炎的新型精準診斷和精準治療方法研發。

                劉克勝告訴《創業圈》,“戰新冠”平臺落地以后,收到的反饋都不錯,不斷有機構主動聯系公司,希望在新冠病毒基因數據分析上進行合作,幫助他們更好地處理和分析數據。

                當下,新冠肺炎疫情“已具有全球大流行特征”。在狙擊新冠肺炎疫情這場沒有硝煙的戰爭中,志諾維思也會一直堅持下去。疫情期間,“戰新冠”平臺會一直保持運營,也會每日更新,以協助醫療機構進行診斷、篩查和治療,以及運用數據做好防控管理工作。同時也希望提供一些權威的信息,讓大眾能夠安心。

                對于“戰新冠”平臺未來的規劃,劉克勝表示,疫情之后,我們希望建立起一個新冠肺炎病毒的基因組序列數據庫,將來提供給相關的科研服務,協助一些公共衛生管理和傳染類疾病的相關項目。同時,我們計劃把平臺的功能進行擴展,未來建立一個關于傳染類疾病的基因測序數據管理、分析的研究平臺,讓平臺發揮更大的效率,創造更大的社會價值。

                編輯/吳慧

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